تعد المجموعات الخاصة في المكتبة من أثمن المواد الموجودة في المكتبة، وهي المخطوطات والرسائل العلمية والمكتبات الخاصة والكتب النادرة، فضلا عن الخرائط والاطالس ومخططات المدن، والمطبوعات الحكومية.

المخطوط هو ما كتب بخط اليد على ورق او جلد، ويحتوي القسم على 3215 مخطوطة ورقية منها 2407 مخطوطة أصلية والباقي صور منسوخة على ورق وجميع تلك المخطوطات مفهرسة على الفهرس الآلي للمكتبة بالإضافة الى فهارس المخطوطات الورقية المطبوعة والمتوفرة بالقسم.

تحتوي مكتبة الجامعة على 24324 رسالة جامعية باللغة العربية والانجليزية من رسائل الماجستير والدكتوراه التي يتم الحصول عليها من خلال الاهداء من قبل الباحثين، ويمكن الحصول عليها من خلال البحث في الفهرس الآلي للمكتبة.

• المكتبات الخاصة

تشكل مجموعة من المكتبات التي اهديت لعمادة شؤون المكتبات من قبل مجموعة من الرواد أمثال الشيخ محمد نصيف وسمو الامير عبد الله الفيصل ومحمد علي السنوسي وحسن البهكلي واخرون وتكريما وعرفانا من الجامعة للرواد الأفاضل فقد تم تخصيص أجنحة خاصة لتلك المكتبات وإتاحتها للاطلاع لكي يستفيد جميع الباحثين بما تحتويه هذه المكتبات من كتب نفيسة ونادرة.

• الكتب النادرة

تحتوي المكتبة على مجموعة من الكتب النادرة التي طبعت قبل أكثر من 150 عاما، وتم وضعها منصفه على الأرفف وفق تصنيف العلوم، ويبلغ إجمالي عدد الكتب النادرة 500 كتاب باللغتين العربية والانجليزية.

تعد المطبوعات الحكومية من أهم مصادر البحث العلمي كونها تحتوي على حقائق وأرقام رسمية، صادرة عن الهيئات الحكومية مثل الوزارات والمؤسسات والشركات والبنوك المحلية والخليجية والعربية والدولية التي تشمل التقارير الإحصائية وخطط التنمية والأدلة السنوية والقوانين واللوائح والأنظمة، ويبلغ عدد المطبوعات الرسمية المتوفرة بالمكتبة 17727،ويمكن الحصول عليها من خلال البحث في الفهرس الآلي للمكتبة.

تحتوي هذه الوحدة على صور واشكال وخرائط توضيحية جغرافية وجيولوجية وزراعية ومدن وطرق ومناخ لبلدان العالم العربي والاسلامي هذا بالإضافة الى مخططات المدن العمرانية والسكانية لجميع مدن المملكة، ويمكن الحصول عليها من خلال البحث في الفهرس الآلي للمكتبة.