توفر المكتبة المجموعات الخاصة من خلال قسم خاص بها يعين المستفيدين على الحصول على مصادر المعلومات النادرة والمجموعات ذات الطبيعة الخاصة كالرسائل العلمية (الماجستير ،الدكتوراه ) والمطبوعات الحكومية والخرائط والمخطوطات، كما يعينهم على تحديد مكان وجودها داخل المكتبة بإلاضافة إلى إرشاد وتوجيه المستفيدين إلى كيفية استخدام المجموعات الخاصة وطرق الحصول على المعلومات منها و تقديم برنامج تدريبي لطلاب الجامعة بهدف تعريفهم بالمجموعات الخاصة و كيفية تنظيمها على الأرفف، ويرمز لكافة مصادر المعلومات التي تقع ضمن المجموعات الخاصة بحروف معينة والتي تظهر على لاصقة المصدر أعلى رقم الطلب ويمكن البحثعن المجموعات الخاصة  عن طريق الفهرس الآلي، تشتمل المجموعات الخاصة على مصادر المعلومات الاتية:

الرسائل العلمية: ويقصد بها الرسائل الجامعية -رسائل الماجستير والدكتوراه سواء مطبوعة أو الكترونية -التي أجيزت من جامعة الملك عبد العزيز بالإضافة إلى الرسائل التي تأتي عن طريق الإهداء. ويرمز للرسائل العربية بالحرف (ر) متبوعاً بالحرف الأول من اسم الجامعة المجيزة للرسالة، أما الرسائل الأجنبية فيرمز لها بالحرف (D) متبوعاً بالحرف الأول من اسم الجامعة المجيزة للرسالة، وترتب الرسائل بالقسم وفق قائمة ببليوجرافية حسب أرقام التصنيف.

المطبوعات الرسمية: ويقصد بالمطبوع الرسمي الوثائق والمطبوعات الرسمية التي تصدر عن الهيئات والوزارات والمؤسسات والشركات والبنوك المحلية والخليجية والعربية والدولية، كما تضم كذلك تقارير الأبحاث والتقارير الإحصائية وخطط التنمية والأدلة والأنظمة والهياكل التنظيمية. ويرمز للمطبوعات الرسمية العربية منها بالحرف (س)، أما المطبوعات الرسمية الأجنبية فيرمز لها بـ (OD).

المخطوطات : تمثل المخطوطات دورا هاما وحيويا في احياء وتوثيق التراث العربي الاسلامي وتفتح افاقا جديدة للبحث والتحقيق العلمي فضلا عن اهميتها التاريخية والفنية وما تتضمنه من صور والوان وزخارف لتبقى شاهدا على عراقة وتقدم الحضارة العربية الاسلامية في مختلف فروع المعرفة البشرية , والمخطوط هو ماكتب بخط اليد على ورق او جلد, ويحتوي القسم على (3215) مخطوطة ورقية منها 2407 مخطوطة اصلية والباقي صور منسوخة على ورق وجميع تلك المخطوطات مفهرسة على النظام الالي للعمادة باللإضافة الى فهارس المخطوطات الورقية المطبوعة والمتوفرة بالقسم.

المكتبات الخاصة: المكتبات الشخصية التي اهديت لعمادة شؤون المكتبات بجامعة الملك عبد العزيز من قبل مجموعة من الرواد بمملكتنا الحبيبة امثال الشيخ محمد نصيف وسمو الامير عبد الله الفيصل ومحمد علي السنوسي وحسن البهكلي واخرون وتكريما وعرفانا من الجامعة للرواد الافاضل فقد تم تخصيص اجنحة خاصة لتلك المكتبات واتاحتها للاطلاع لكي يستفيد جميع الباحثين بما تحتويه هذه المكتبات من كتب نفيسة ونادرة.

الكتب النادرة: هي مجموعة من الكتب النادرة التي مضى على طباعتها أكثر من مائة وخمسين عاما ووضعت على الأرفف مصنفة حسب العلوم. وقد وصل اجمالي الكتب النادرة الى (500) مجلد باللغة العربية والانجليزية.

الخرائط ومخططات المدن: تشتمل على صور وأشكال وخرائط توضيحية جغرافية وجيولوجية وزراعية ومدن وطرق ومناخ لبلدان العالم العربي والإسلامي بالإضافة إلى مخططات المدن العمرانية والسكانية لجميع مدن المملكة.

• يجب استخدام المصادر داخل القاعة للإطلاع الداخلي فقط.
• لا يمكن استعارة أي مصدر استعارة خارجية من قاعة المجموعات الخاصة.
• يسمح بتصوير المطبوعات الرسمية.
• يسمح بتصوير (25) صفحة فقط من الرسائل الجامعية من خلال تعبئة النموذج الخاص بذلك بعد ترك وثيقة رسمية كالبطاقة الجامعية.
• يسمح بالإطلاع الكترونياً على الرسائل الجامعية المتاحة على أقراص CD-ROM من خلال جهاز حاسب آلي مخصص لها داخل قاعة المجموعات الخاصة.

• تملأ الاستمارة الخاصة بطلب تصوير المخطوطات لدراستها من قبل قسم المخطوطات.
• بالنسبة لطالب الدراسات العليا بجامعة الملك عبد العزيز فعليه احضار خطاب رسمي من المشرف على الرسالة ومعتمدة من الكلية التابع لها محددا حاجته للمخطوطة والغرض من تصويرها.
• بالنسبة للباحث الذي ينتمي الى مؤسسات او هيئات علمية سواء داخل المملكة او خارجها، فعليه التقدم بطلب تصوير المخطوطة للجهة التابع لها والتي تقوم بدورها بإرسال خطاب رسمي مبينا فيه حاجة الباحث للمخطوطة والغرض من تصويرها ويستثنى من ذلك اعضاء هيئة التدريس بجامعة الملك عبد العزيز.
• بالنسبة للفئات الاخرى فانه ينبغي على الباحث اثبات هويته وخبراته العلمية وتحديد حاجته للمخطوطة والغرض من تصويرها، ويعرض الامر على عميد شؤون المكتبات لاتخاذ اللازم.
• - يشترط على الهيئات العلمية التي لديها مخطوطات التبادل بالمثل على ان يقوم قسم المخطوطات باختيار النسخ البديلة، وإذا كان ليس لديها مخطوطات بعرض الموضوع على عميد شؤون المكتبات. يشترط دفع رسوم التصوير المقررة باستثناء المخطوطات التي يحضرها الافراد للتصوير ويرغب قسم المخطوطات الحصول على نسخة منها وذلك لعدم توفر نسخة طبق الاصل.